1954年1月2日香港出生，中學之後愛上電影，是七十年代火鳥電影會、第一影室和週日早場的常客。其後「發燒」到跑入邵氏的剪接間當了助理，入浸會學院傳理系修讀電影前，嘗試用超八毫米拍攝劇情及實驗短片，並贏得香港獨立短片展最佳電影獎。求學期間亦嘗試創作舞台劇本，自編自導，得導師推薦一邊讀書，一邊在佳視及麗的電視當編劇。

畢業後，在無綫電視寫劇本之餘，亦參予電影劇本創作，之後遊學英倫一年。回港後，因任職的世紀電影公司結業，與邱剛健、秦天南合組三明公司，有機會於1984年導演了《唐朝豪放女》，影片獲香港電影金像獎及台灣金馬獎之最佳美術指導獎。

之後拍了兩齣人物傳奇片，1985年周潤發主演的《郁達夫傳奇》，於意大利都靈影展參賽。1990年由梅艷芳和劉德華主演的《川島芳子》，獲邀於威尼斯電影節展出。1994年拍攝的《非常偵探》，獲香港電影評論學會選為「年度推薦電影」。與此同時，方令正開始與太太羅卓瑤的長期合作，替她編劇、策劃、監製了六部電影，計有《我愛太空人》(1998)、《潘金蓮之前世今生》(1989)、《愛在別鄉的季節》(1990)、《YES一族》(1991)、《秋月》(1992) 和《誘僧》(1993)等。

其後，方令正有感於很難適應香港電影市場的商業口味，而又發現澳洲政府有支持電影文化的資助，故移民彼邦全力創作非主流電影，與羅卓瑤合作編寫及監製了三部她執導以英語為主的電影，包括《浮生》(1996)、《遇上 1967的女神》(2000)和《給阿里的信》(2004)，2008年才再回來編寫、監製了她導演的《如夢》。