牟敦芾，1941年5月13日出生于中國山東，小時隨父母移居台灣。青年時代入國立藝術專科學校影劇科研習電影。1969年在台灣執導兩部小型製作《不敢跟你講》及《跑道終點》(1971)，大受好評，但兩片都被台灣政府禁映了，原因是題材太過敏感(涉及師生戀與同性戀)。1973年，牟敦芾開始到歐洲和中美洲等地流浪了四五年，以教中文為生，並曾在玻利維亞拍攝電影。

1977年，牟敦芾赴香港簽約邵氏公司成為基本導演。首作執導短片《鎗》，收進《姦魔》一片中，成為《香港奇案》系列中的一集。公映時票房只屬一般，但邵氏對他嫺熟的導演手法甚為滿意。隨後，牟敦芾繼續在邵氏公司開拍多部犯罪片，包括《撈過界》(1978)，以及和引起社會大眾議論紛紛的《打蛇》(1980)。牟敦芾揀選了一個尖銳的社會性題材，以當年大陸偷渡客被「打蛇」的黑幕，毫不保留地渲染戲劇衝突、性、暴力和火爆場面，正面挑戰香港的電影檢查制度。

80年代初，牟敦芾把他的電影舞台搬往中國大陸。1983年，他到四川執導了夏夢監製的功夫片《自古英雄出少年》。1988年，他以抗日戰爭時期，日軍731細菌部隊以中國平民百姓作生化武器實驗的暴行作題材，為銀都機構執導《黑太陽731》，再次展現了他對犯罪心理、視覺暴力、官能刺激的情有獨鍾。多年之後，他再以中日戰爭慘痛的另一章作背景，拍攝了《黑太陽南京大屠殺》(1995)，再度控訴日軍侵華的暴行。1995年，牟敦芾與李華月合導成人電影《血戀》之後淡出影壇。現居於美國。