馮意清，香港出生。加拿大莫哈克學院傳播藝術系畢業後，赴美國德克薩斯州南方衛理公會大學深造電影，其後在加拿大環球電視監製紀錄片，並兼任攝影師。1979年回港後加入香港電台電視部，出任《獅子山下》等劇集的監製，並執導其中一集《蠔劫》(1979)。1980年導演呂良偉主演的《大控訴》，或因導演手法過於前衞，未為午夜場觀眾接受，出現「割凳」事件。八十年代中他加入邵氏公司任創作總監及執行監製，製作了《唐朝豪放女》(1984)等甚獲好評的電影。1985年自組城市電影製作公司，導演李麗珍主演的追女仔喜劇《瘋狂遊戲》。1986年為德寶電影公司導演《警賊兄弟》，其後導演了張堅庭主演的《求愛夜驚魂》(1989)與《太子爺出差》(1992)。

他於1991年成立鐳射娛樂公司與鐳射發行公司，前者製作了《金雞》(2002)、《豪情》(2003)、《A-1頭條》(2004)、《我老婆係大佬3》(2006)等電影；後者以發行影視產品為主，至今已發行中外電影、兒童節目及音樂錄像近二千部。他又於2000年與陳可辛及陳德森合作創辦Applause Pictures，以亞洲市場為目標，製作泛亞洲國家/地區合作的電影，由馮意清擔任出品人的電影包括《晚孃》(2001)、《春逝》(2001)、《三更》(2002)、《見鬼》(2002)等。

他是香港電影導演會的創會會員，並由1989年至1991年任執行委員，1991年至1993年任邀請執委。他亦曾任香港電影資料館的名譽顧問，與現任電影節目辦事處顧問團的顧問。